Le Centre de Recherche en Agropastoralisme est dirigé par un directeur, administré par un conseil d’administration et doté d’un conseil scientifique .
Le directeur adjoint assiste le directeur en matière d’activités scientifiques et de développement technologique et coordonne les activités des départements techniques organisés en services.
Le secrétaire général assiste le directeur en administration et il est rattaché au secrétaire général le bureau de la sûreté interne, la cellule du suivi des informations scientifiques et technologiques, le bureau des archives et le bureau des contentieux et des affaires juridiques.
Les divisions de recherche, au nombre de cinq (5), sont constituées par :